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国家自然科学基金委员会中国学者与海外合作者在利用人工智能识别潜在RNA病毒研究方面取得进展（图）
人工智能 识别 病毒
2024/11/23
在国家自然科学基金项目（批准号：82341118、32270160）等资助下，中山大学医学院施莽教授团队、阿里云李兆融团队，联合悉尼大学Edward Holmes教授团队，在人工智能（artificial intelligence，AI）算法识别潜在的RNA病毒种（species）及RNA病毒超群（supergroups）研究方面取得进展。相关成果以“利用人工智能揭示隐藏的RNA病毒圈（Using...
中国科学院深圳先进技术研究院哺乳动物活细胞内可编程重构RNA调控网络的人工基因线路（图）
动物 细胞 网络 基因
2024/11/13
单细胞技术的飞速发展和各类细胞图谱计划的进行，为解析多重时空维度下的细胞类型和状态提供了丰富的分子标签。RNA作为决定细胞类型和细胞状态多样性的核心介质，其表达失调或突变可导致各种病变细胞状态的演化，包括肿瘤的发生。
2024年8月，环境化学与生态毒理学国家重点实验室彭汉勇课题组与江桂斌院士、加拿大X. Chris Le院士等团队合作，在CRISPR基因编辑工具开发方向取得新进展，研究成果以“RNA-activated CRISPR/Cas12a nanorobots operating in living cells ”为题发表在Journal of the American Chemical Society...
国家自然科学基金委员会上海药物所甘勇团队揭示胆固醇在外泌体递释RNA药物中的关键作用（图）
甘勇 药物 遗传 纳米
2024/11/16
2024年9月19日，中国科学院上海药物研究所甘勇研究员、俞淼荣副研究员与浙江大学胡国庆教授团队合作在Nature Nanotechnology上在线发表了题为“Direct Cytosolic Delivery of siRNA via Cell Membrane Fusion Using Cholesterol-Enriched Exosomes“的研究论文。该研究结合理论建模和实验研究深入揭...
在活细胞中对生物大分子，如蛋白质和RNA等进行时空定位和追踪，对于理解它们的生物学功能和揭示其机制至关重要。绿色荧光蛋白的发现和开发显著提高了活细胞内功能性蛋白成像的适用性。目前，荧光点亮RNA适配体 (FLAP) 已作为荧光蛋白的对应物应用于细胞中功能RNA的成像。FLAP通常是利用体外进化筛选技术得到的一段RNA序列，其结合配体后能显著增强配体的荧光。由于其高亮度、更好的可编程性和较小的尺寸，...
中国科学院生物物理所发现古菌C/D RNA识别底物新规则（图）
古菌 识别 生化活性
2023/12/13
2023年11月30日，中国科学院生物物理研究所叶克穷课题组在《中国科学：生命科学（英文版）》（Science China Life Sciences）上，在线发表了题为Complicated target recognition by archaeal box C/D guide RNAs的研究论文，揭示了古菌中2'-O-甲基化修饰全局图谱以及C/D RNA识别底物的新模式。
中国科学院生物物理研究所叶克穷研究组发现古菌C/D RNA识别底物的新规则（图）
叶克穷 古菌 识别底物
2024/4/21
2023年11月30日，中国科学院生物物理研究所叶克穷课题组在《Science China Life Sciences》在线发表了题为"Complicated target recognition by archaeal box C/D guide RNAs"的论文，揭示了古菌中2'-O-甲基化修饰全局图谱以及C/D RNA识别底物的新模式。
荧光RNA传感器研究获进展（图）
荧光 RNA 传感器
2023/7/27
基因编码的荧光传感器可以在单细胞水平追踪代谢物、蛋白质或重金属离子等细胞内靶标的丰度变化和动力学分布，并解析活细胞的生理过程和信号传导通路。2023年7月24日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表了中国科学院北京生命科学研究院李幸团队撰写的题为Genetically encoded RNA-based sensors with Pepper fluorogenic...
中国科学院分子植物科学卓越创新中心张余研究组揭示了拟南芥RNA聚合酶V的转录延伸机制（图）
张余 聚合酶 复合
2023/11/18
2023年5月30日，国际学术期刊Nature Communications在线发表了中科院分子植物科学卓越创新中心/中科院合成生物学重点实验室张余研究组为“A cryo-EM structure of KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex”的研究论文。该研究报导了包含KTF1的RNA聚合酶V（RNA polymerase...
2023年4月17日，研究所郝沛课题组和中国科学院分子植物科学卓越创新中心李轩课题组合作，在国际学术期刊《Genome Biology》发表了题为“DeepEdit: single-molecule detection and phasing of A-to-I RNA editing events using nanopore direct RNA sequencing”的研究论文。该研究利用深...
国家自然科学基金委员会中国学者在环形RNA全长转录本解析技术方面取得进展（图）
解析 纳米 细胞
2024/9/3
在国家自然科学基金项目（32130020、32025009、91940306）等资助下，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队建立了环形RNA全长转录本解析和高效挖掘的技术体系。研究成果以“利用纳米孔测序和CIRI-long方法对环形RNA转录本进行全长测定（Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-lo...
中国科学院分子植物科学卓越创新中心张余研究组揭示了蓝细菌RNA聚合酶的结构和转录机制（图）
张余 蓝细菌RNA 聚合酶 结构
2023/11/18
2023年4月10日，国际学术期刊PNAS在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心张余研究组与英国纽卡斯尔大学Yulia Yuzenkova研究组以及浙江大学冯钰研究组合作题为“A SI3-σ arch stabilizes cyanobacteria transcription initiation complex”的研究论文，该研究解析了蓝细菌RNAP的三维结构及其转录起始的独特机制。
2022年6月29日，中科院上海营养与健康研究所王泽峰研究团队在Nature Communications杂志在线发表了题为“Pervasive translation of circular RNAs driven by short IRES-like elements”的研究论文，报导了环形RNA翻译的新机理。该研究通过对随机序列的筛选，系统性鉴定出多个类IRES（内部核糖体进入位点）元件来驱...
浙江大学生命科学学院 生化所金勇丰课题组联合国内外学者在SCIENCE CHINA Life Sciences撰文综述RNA结构的前沿进展（图）
金勇丰 编码蛋白信息 分子催化 三维空间
2022/10/12
RNA分子具有编码蛋白信息的功能，还是遗传信息传递的重要介质。三维空间上的折叠赋予RNA分子催化、调控、感知和结构支架等功能。RNA结构的算法预测、全局RNA结构图谱绘制、3D RNA结构的分子解析将有助于研究RNA在各种生理和病理过程中的功能及其调控机制。近几年来，已经开发了一系列新技术来解码全基因组体内RNA结构，阐析了新的功能范式，为研究RNA结构介导的疾病发生机理及相关疾病的预防与治疗提供...
