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基于InDel 标记的茄子种质资源遗传多样性分析
茄子 InDel 标记 遗传多样性 聚类分析
2021/3/3
用19 对InDel 标记对来自国内外的46 份茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：19 对InDel 标记的多态性信息含量（PIC）范围在0.48～0.66 之间，均值为0.59。46 份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32～1.00 之间，均值为0.70，说明46 份茄子种质资源之间的遗传差异不大，遗传基础相对狭窄。利用UPGMA法进行聚类分析，在遗传相似系数为0.66 处，将46份茄子...
对栽培和野生中国樱桃进行De novo基因组测序和比对，在全基因组范围内检测筛选出50 617个InDel位点，并挑选均匀分布的200个标记进行验证，其中，27个标记在中国樱桃种内表现出多态性。利用多态性标记，对不同来源的192份中国樱桃（168份栽培和24份野生）种质进行基因型分型，共检测到60个等位基因（Na），平均每个标记2.2个；基因多样性指数（Hs）为0.010 ~ 0.500，平均0....
以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材，挑选抗炭疽菌叶枯病基因Rgls位点区域内的，第15条染色体上，位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内，由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及10个InDel标记，通过高分辨率熔解曲线（High Resolution Melting，HRM）技术筛选出与基因Rgls位点紧密连锁的2个...
采用Super BSA 方法分别构建100 份粉红色番茄材料和100 份红色番茄材料的DNA 混合池，对测序结果的SNP 位点进行分析。结果表明：在1 号染色体上的127 个SNP 位点中，有6 个与番茄果实颜色高度相关，其中1 个位点与粉红色果实高度相关。利用该SNP 位点开发了1 个共显性dCAPS 标记，在红色、粉红色和杂合F1 3 种基因型之间的多态性较好。同时，利用番茄重测序数据分析番茄...
根据黄瓜白粉病抗性主效基因/QTL 的插入/ 缺失突变，将其设计成共显性的InDel 分子标记。通过群体连锁分析，发现InDel-MLO1 标记与黄瓜白粉病抗性主效基因共分离。应用该标记对24 份来自世界各地且白粉病抗性已知的黄瓜材料进行抗性验证，21 份材料的抗性表型与标记的带型一致，说明在黄瓜进化和驯化过程中，造成抗病表型的该插入/ 缺失突变发生普遍。因此，该InDel 标记适合于大多数黄瓜材...
白菜型油菜和菜薹的InDel 标记开发及其RILs群体遗传连锁图谱的构建
菜薹 油菜 白菜 插入/缺失
2012/10/16
通过白菜型油菜‘R-O-18’和菜薹‘L58’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列（‘Chiifu-401-42’的基因组序列）的比对，在全基因组范围内检测到了18 479 个短插入缺失变异位点（≤5 bp）。从中挑选了500 个插入/缺失片段为4 ~ 5 bp 的InDel 变异位点，将其设计成InDel 分子标记并进行试验验证，结果有452 个标记通过PCR 扩增出单一条带，但仅有106 ...