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棉花类LRR抗病蛋白(GhLRR-RL)基因的克隆及表达分析
棉花 LRR蛋白 LRR-RL蛋白
2008/1/29
摘要从棉花胚珠的cDNA-AFLP片段中,选取一个与拟南芥类LRR抗病蛋白(LRR-RL)序列相似的片段,用RACE方法延伸其3′和5′未知序列,得到一个棉花类LRR抗病蛋白的全长cDNA序列(GenBank登录号:AY040532).该cDNA长1259bp,包含一个987bp的开放阅读框,具有Poly(A)加尾信号.推测的蛋白质包含328个氨基酸,其中大部分是LRR区,其序列符合膜外LRR的共...
水稻NBS-LRR基因选择性剪接的全基因组检测及分析
选择性剪接 生物信息学 NBS-LRR同源序列 水稻
2008/1/25
摘要选择性剪接是促进基因组复杂性和蛋白质组多样性的一种主要机制, 但是对水稻NBS-LRR序列选择性剪接的全基因组分析却未见报道。通过隐马尔柯夫模型搜索，从TIGR数据库里得到了855条编码NBS-LRR基序的序列。利用这些序列在KOME、TIGR基因索引及UniProt三个数据库中进行同源搜索,获得同源的完整cDNA序列、假设一致性序列和蛋白质序列。再利用Spidey 和SIM4程序把完整cDN...