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龙眼EST-SSR标记开发及无患子科5个属种质遗传多样性分析
无患子科 龙眼 SSR 转录组
2019/8/6
基于龙眼品种‘香脆’果实的转录组测序数据库，开发龙眼EST-SSR引物，评价其在无患子、红毛丹、荔枝、龙荔等4个近缘属植物上的通用性，并进行无患子科5个属55份种质的遗传多样性分析。在13 934条龙眼Unigene中搜索到SSR位点6 683个，SSR发生频率为47.96%，平均分布距离为4.48 kb；单、二和三核苷酸重复是主要的SSR类型，分别占52.78%、26.25%和20.19%；设计...
利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性
香椿 遗传多样性 SRAP EST-SSR
2018/6/15
利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析，试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明，33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点，平均每对引物产生5.06个多态性位点；45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点，平均每对引物检测到4.9个多态位点；所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR，Na = 2.3506，H...
基于EST-SSR标记的贵州野生刺梨居群遗传多样性分析
刺梨 SSR 遗传多样性 居群遗传结构
2017/11/24
通过分析评价贵州野生刺梨（Rosa roxburghii Tratt）资源居群遗传多样性和遗传结构，为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物，对收集的12个野生刺梨自然居群（共255份资源）的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离，利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进...
采用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的220份野生刺梨（Rosa roxburghii Tratt）资源的遗传多样性进行分析，结果表明：10对EST-SSR引物共扩增出多态性条带27条，多态百分率为76.67%；9个品质性状中平均单果质量、可滴定酸、固酸比、维生素C和类黄酮含量的变异系数达到20%以上；说明该220份贵州野生刺梨种质资源遗传变异丰富，遗传多样性分布范围较广，适于...
基于EST 数据库的葡萄成花途径的预测及分析
葡萄 EST 成花途径 基因
2014/2/11
以拟南芥成花途径相关基因序列为探针，对葡萄EST 数据库进行同源检索筛选，获得相应的同源EST 序列，并以葡萄不同发育时期的不同器官cDNA 为模板，通过半定量RT-PCR 反应研究了葡萄成花途径相关基因的存在与表达情况，对葡萄成花途径的进行了分析与判断。研究发现，葡萄成花途径中的基因在不同器官中的不同时期的时空表达存在强弱的差异。
以10 份大白菜杂交种及其亲本为研究对象，基于NCBI 基因组数据库中EST 序列信息，应用SSR 标记及高分辨 率溶解曲线技术筛选出用于大白菜杂交种纯度鉴 定的SNP 位点及复合 SSR 位 点，并根据 高通量分子检测技术 种子纯度鉴定的需要 ，对单粒种子育苗条件、单株植株提取 状态、快速DNA提取方法、复合PCR 体系的建立等关键 技术进行了摸索及优化。结果显示：经过48 h 破壳状态的单粒种...
辣椒EST-SSRs 的分布特征及在品种多样性研究中的应用
辣椒 EST-SSR 分子标记 遗传多样性
2013/9/9
为开发高效实用的EST-SSRs 标记，从120 605 条辣椒无冗余EST 序列中共搜索到10 179条至少含有1 个SSR 的EST 序列，占EST 总数的8.44%。高频重复类型为一核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，占EST-SSRs 总数的91.63%。最常见的基元是A/T，其次是TC/GA和CT/AG。设计合成了20 对EST-SSRs引物并对25 份辣椒材料进行了PCR 扩增，结果表明：17...
蝴蝶兰EST资源SSR标记分析与开发
蝴蝶兰 EST-SSR 分子标记
2012/10/17
利用SSRIT软件对NCBI上蝴蝶兰的8 188条EST序列按照碱基重复单元数8以上的标准进行SSR位点查找，发掘出246条EST序列，共含有261个SSR位点，检出率为3.19%。二核苷酸重复是最主要的重复类型，占SSR总数的94.25%。SSR的不同重复单元中，最常见的重复单元是：(TA)n和(GA)n，其余出现频率较高的依次为(TC)n、(AT)n和(AG)n。设计了32对EST-SSR引物...
萝卜EST资源的SSR信息分析及EST-SSRs标记开发
萝卜 EST SSR特征 标记开发
2012/10/16
从NCBI 数据库下载了287 349 条萝卜EST 序列，经预处理后得到无冗余EST 序列58 105 条，全长38 622.476 kb。利用MISA 搜索SSR 位点，得到含有SSR 位点的EST 序列3 523 条，共3 718 个SSR，平均每10.39 kb 就出现1 个SSR。分析发现萝卜EST 序列中存在265 种重复基元类型，其中二、三、六核苷酸重复是主导的重复基元类型，二核苷酸...
【目的】通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析，为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据。【方法】利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增，在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类，并绘制亲缘关系树状聚类图。【结果】26对引物共检测到等位位点86个，每个引物为2～5个，平均3.31个;遗传...
根据物种间同源基因相对保守的特点，利用生物信息学方法以拟南芥APETALA2 cDNA序列作为模板，对柑橘EST数据库进行同源检索筛选，克隆了柑橘APETALA2基因的cDNA序列，并以枳[Poncirus trifoliata (L.) Raf.]花cDNA为模板，根据以上cDNA序列设计特异引物，利用RACE技术分别获得该基因的5'和3'末端，序列拼接后获得枳的APETALA2 cDNA全长。...
甜瓜EST-SSR位点信息及标记开发
甜瓜 EST-SSR 信息
2009/8/5
对GenBank中35 547条甜瓜EST进行净化处理, 得到总长度为2.5 ×107 bp 的无冗余EST34 408条。从这些序列中发现2 877 个SSR, 分布于2 119 条EST中, 出现频率为8.36% , 分布密度为1/8.72 kb。单碱基、二碱基和三碱基重复是主导重复类型, 分别占EST2SSR总数的16.61%、22.49%和46.09%。A /T、AG/CT和AAG/CTT...
猕猴桃EST序列的SSR信息分析
猕猴桃 表达序列标签 微卫星
2009/7/20
从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签（Expressed Sequence Tag，EST）中随机抽取56,400条序列，应用SSRHunter软件查找微卫星（Microsatellite，SSR）重复序列。研究结果表明，从猕猴桃EST序列中获得了7939条SSR，其中包括二核苷酸重复5131条（64.63%），三核苷酸重复1237条（15.58%）,四核苷酸重复284条（3.58%...