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非标记探针HRM法在中国对虾EST-SNP筛选中的应用
中国对虾 单核苷酸多态性 高分辨率熔解曲线
2015/6/3
利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1%。对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000~0.947和0.04...
大叶藻EST-SSR标记开发及其在大叶藻群体遗传多样性研究中的应用
大叶藻 EST-SSR 遗传多样性
2015/6/3
本研究从NCBI的EST数据库中下载大叶藻EST序列共计10 659条,从中得到SSR位点共65个,SSR发生频率为1.7%,平均分布距离为21.7 kb。其中三核苷酸为优势重复类型,占49.2%,二核苷酸数量仅次于三核苷酸,占33.8%。基于65条含有SSR的EST序列,设计并合成了30对引物,其中26对引物的扩增产物单一,片段大小与预测的相近或较大。在由16个大叶藻个体组成的群体中,其中8对引...
凡纳滨对虾EST微卫星标记初步筛选
凡纳滨对虾 表达序列标签 微卫星 分子标记
2011/7/29
对161 075条凡纳滨对虾dbEST(database of “Expressed Sequence Tags”)的数据进行SSR序列筛选,搜索参数为二~六核苷酸重复6次以上(包括6次),共获得含SSR的EST序列12 600条,占整个凡纳滨对虾dbEST数据库的7.8%,其中二核苷酸重复10 104条,占总ESTSSR序列的80.2%; 三核苷酸重复2 036条(16.1%),四核苷酸重复3...
表达序列标签(EST)分析及藻类EST 文库的研究进展
表达序列标签 藻类 EST文库
2009/7/2
随着生物信息学的发展, 表达序列标签( EST) 在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等方面具有重要作用。笔者简要介绍了EST 技术的原理及其在构建遗传图谱、分离与鉴定新基因等方面的应用。综述了藻类EST 文库的研究现状, 并对EST 的应用前景进行了展望。