搜索结果: 1-15 共查到“知识库 RNA-seq”相关记录17条 . 查询时间(0.028 秒)
为开发与草鱼生长性状相关的基因以及单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记，本研究采用转录组测序技术(RNA sequencing，RNA-Seq)对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析，共获得31 465万条高质量短读序(clean reads)，经组装得到34 147条拼接基因(unigene)，平均长度为1 060 bp，其中有...
基于RNA-seq 的香蕉枯萎病菌转录因子FoSwi6敲除突变体的转录组分析
Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4 MAPK 转录组 差异表达基因
2021/4/28
丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated Protein Kinase,MAPK)信号通路转录因子 FoSwi6 在调控香蕉枯萎病菌4号生理小种(Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4, Foc4)的生理特性和致病性方面发挥着重要作用。为解析转录因子 FoSwi6 的转录调控机制,本研究利用RNA-seq技术对该病菌野生型菌株和突变体ΔFoS...
杜梨根茎叶特异表达基因的RNA-Seq分析
杜梨 激素 生长素响应蛋白 RNA-Seq分析
2018/11/5
利用RNA-Seq技术，对杜梨根、茎、叶中特异表达的基因进行了筛选和分析，为探讨梨属植物生长发育及组织间功能差异的分子机制提供理论依据。研究结果表明，杜梨根、茎、叶中分别获得了19 443、19 567、17 876个表达基因，分别注释得到110、110、110个GO功能分类和56、55、65条KEGG代谢途径，主要涉及能量代谢、物质代谢和运输、激素调控、信号转导等多种生物学功能；其中在根、茎、叶...
RNA-Seq分析小鼠腭发育关键时期基因的时空表达
腭发育 唇腭裂 RNA测序
2019/3/22
构建小鼠腭发育时期差异表达基因库(differentially expressed genes bank,DEGB),探究腭发育关键调控因子和调控机制。方法: 分别收集C57BL/6孕鼠妊娠13.5、14.5、15.5、16.5 d(embryonic day,Ed)胚胎腭板,RNA测序技术筛查差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),选择部分基因进行...
基于RNA-Seq技术苹果基因结构优化与新转录本预测
苹果 RNA-Seq 基因结构优化 新转录本预测
2018/12/13
苹果(Malus domestica)已经完成全基因组测序并公布全基因组图谱, 但是基因注释信息很不完善, 因此本试验利用RNA-Seq技术对苹果已注释基因结构进行优化和新转录本预测。以‘富士’花后15、30、45、60 d的果肉为材料提取总RNA, 构建文库并使用Illumina双末端测序HiSeq 2500平台进行测序, 获得高质量的序列(clean reads)。将得到的结果与苹果‘金冠’参...
本文以前期获得的银叶真藓在干旱-复水过程中的转录组数据为基础, 选择了9个在干旱-复水条件下基因表达差异明显的相关耐干响应基因, 并利用荧光定量PCR技术研究其在干旱-复水、ABA诱导胁迫及盐胁迫下的表达模式。研究结果表明, RT-qPCR实验获得的9个基因在干旱-复水下的表达趋势与RNA-Seq基因表达谱中基因表达规律基本一致, 因此较好地验证了RNA-Seq数据的可靠性。在干旱-复水过程中, ...
基于RNA-Seq筛选鸭肠炎病毒感染鸭脾差异表达免疫相关基因
脾 差异表达 免疫相关基因
2017/4/1
为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus，DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因，本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50 d鸭后，于接种后66、90和114 h采集鸭脾组织样本，提取总RNA，通过高通量RNA-seq技术测序，应用GO和KEGG数据库进行比对注释，并采用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证，结果显示：DEV接种66 h时鸭脾的差异表达基因有511个，参与免疫相...
RNA-seq转录组测序分析不同季节对槟榔江水牛精液品质的影响
RNA-seq 槟榔江水牛 差异表达基因 精液品质
2016/7/26
本研究旨在利用RNA-seq技术对不同季节槟榔江水牛全血mRNA进行分析，找出不同季节精液品质候选基因。选取5头生长状况相近的3~5岁槟榔江水牛，进行春、夏、秋、冬4个季节的精液品质（鲜精活力、精子畸形率、射精量、精子密度）检测。根据精液品质，选取差异极显著的春（BL）、夏（SBL）两个季节的水牛样品进行RNA-seq转录组测序分析。颈静脉采集全血，抽提mRNA并组内混合制样，利用RNA-seq技...
Characterizing Milk Production Related Genes in Holstein Using RNA-seq
RNA-seq Holstein Milk Production Meta-analysis Milk Yield Differentially Expressed Gene
2016/5/19
Although the chemical, physical, and nutritional properties of bovine milk have been extensively studied, only a few studies have attempted to characterize milk-synthesizing genes using RNA-seq data. ...
Poisson-PDNN: Modeling non-uniform read distribution in RNA-seq data
Poisson-PDNN Modeling non-uniform distribution in RNA-seq data
2016/1/25
RNA-Seq is a powerful new technology to comprehensively analyze the transcriptome of any given cells. An important task in RNA-Seq data analysis is quantifying the expression levels of all transcripts...
Poisson-PDNN: Modeling non-uniform read distribution in RNA-seq data
Poisson-PDNN Modeling non-uniform distribution RNA-seq data
2016/1/20
RNA-Seq is a powerful new technology to comprehensively analyze the transcriptome of any given cells. An important task in RNA-Seq data analysis is quantifying the expression levels of all transcripts...
The simple fool’s guide to population genomics via RNA-Seq: an introduction to high-throughput sequencing data analysis
bioinformatics de novo assembly gene expression
2015/12/11
High-throughput sequencing technologies are currently revolutionizing the field of biology and medicine, yet bioinformatic challenges in analysing very large data sets have slowed the adoption o...
RNA-seq Profiles of Immune Related Genes in the Spleen of Necrotic Enteritis-afflicted Chicken Lines
RNA-seq Chicken Necrotic Enteritis Cytokine Eimeria maxima Clostridium perfringens
2016/5/19
The study aimed to compare the necrotic enteritis (NE)-induced transcriptome differences between the spleens of Marek’s disease resistant chicken line 6.3 and susceptible line 7.2 co-infected with Eim...
通过研究不同年龄和不同性别绒山羊背最长肌之间的差异表达基因，筛选影响绒山羊肉品质的候选基因。本研究基于RNA-Seq技术对4个绒山羊背最长肌的转录组进行高通量测序，在测序评估的基础上，对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。本研究通过CLC Genomics Workbench 6.0软件共找到263个候选基因，其中包含123个高表达有利基因和140个高表达有害基因。GO功能注释结果显示，高表...